ZOOM Lite

描述

ZOOM Lite是下一代测序数据映射和可视化软件。用户输入参考基因组，Illumina/Solexa短读取文件或AB SOLiD色彩空间读取各种格式的文件，例如* .fasta，*。fastq，* _ seq.txt，*。csfasta等。ZOOM输出这些短文件的映射结果读取参考序列。 ZOOM Lite具有基于新设计的多重间隔种子理论的快速而准确的映射内核。可以处理从15bp到240bp的各种长度的单端和双端读取。允许在阅读序列与其参考序列上的靶标区域之间进行任何数量的错配和一个插入/删除各种长度的操作。将根据最小的不匹配和插入缺失长度报告每次读取的唯一映射结果或最佳（前N个）结果。质量分数用于增强映射精度。 ZOOM Lite基于映射内核，允许用户加载本地读取数据和参考序列数据，选择合适的参数，在多达四个CPU之间并行处理大量数据，监视运行任务，存储映射结果，查看图形映射结果和输出映射结果为* .BED或* .GFF文件格式，以便进一步使用UCSC浏览器跟踪信息进行勘测。可以以任何所需的比例查看映射结果，从整个染色体上的读取深度图到读取序列与参考序列之间的详细序列比对。用户只需单击并拖动或滚动即可轻松导航到感兴趣的区域。 ZOOM Lite是ZOOM Studio软件的衍生产品。