RAPTOR

描述

RAPTOR是一款创新的软件，旨在进行准确的蛋白质结构预测。它在一个集成的软件解决方案中结合了高级分析工具，并提供了三种不同的线程化方法。 RAPTOR独特的整数编程优化方法对于查找具有低序列同源性的目标的结构模板最有效，并且能够生成高质量的模型。易于使用的界面和易于理解的E值是初学者和专家的理想选择。最重要的是，输出的直观显示使用户能够一目了然地理解结果。给定目标蛋白质序列，如果存在具有已知3D结构的同源蛋白质，则可以使用序列搜索工具（例如RAPTOR中也提供的PSI-BLAST）找到它。然后，根据已知结构构建目标的结构。但是，当序列同源性不显着时，即小于25％时，PSI-BLAST无法产生可靠的结果。与仅进行序列搜索的PSI-BLAST不同，蛋白质插入，折叠识别利用了同源性和结构信息。它针对已知结构的数据库扫描具有未知结构的蛋白质序列。通过使用评分功能，并在三维结构和线性蛋白质序列之间进行相容性分析，可以确定构建序列结构的最佳结构模板。结果，当存在边际序列同源性时，蛋白质插入比同源性建模可提供更好的预测。