FlexS

描述

FlexS 预测其中一种配体相对于另一种配体的构象和方向。在 FlexS 中，参考配体被假定为刚性的，因此，它应该以类似于结合状态的构象给出。 FlexS 中的叠加算法只需要很少的人工干预。您可以通过手动执行单个步骤将这些知识集成到 FlexS 的计算中。因此，FlexS 设计用于配体对的交互工作以及基于配体的虚拟筛选。 FlexS 的两个主要应用是配体超级定位（例如用于 CoMFA/QSAR）和虚拟筛选。如果你有一个蛋白质和一个与之结合的小分子（所谓的参考配体）但没有蛋白质的结构，你可以将参考结构作为活性位点的负指纹。 FlexS 通过对齐它们来确定测试和参考结构之间的相似性。在虚拟筛选中，您有一个参考配体和一组化合物，并且您有兴趣将化合物优先用于实验测试。